საქართველოს ინოვაციების და ტექნოლოგიების სააგენტოს მისიაა საქართველოში ინოვაციების და ტექნოლოგიების განვითარებისთვის საჭირო ეკოსისტემის ფორმირება, ცოდნისა და ინოვაციის კომერციალიზაციის ხელშეწყობა, ინოვაციებისა და ტექნოლოგიების გამოყენების სტიმულირება ეკონომიკის ყველა დარგში, ინოვაციების და მაღალტექნოლოგიური პროდუქტების ექსპორტის ზრდისთვის საჭირო გარემოს შექმნა.